Calcium in PDB 5e1p: Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model
Protein crystallography data
The structure of Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model, PDB code: 5e1p
was solved by
J.Lin,
H.Van Den Bedem,
A.T.Brunger,
M.A.Wilson,
with X-Ray Crystallography technique. A brief refinement statistics is given in the table below:
|
Resolution Low / High (Å)
|
25.52 /
1.01
|
|
Space group
|
P 1
|
|
Cell size a, b, c (Å), α, β, γ (°)
|
25.015,
29.415,
52.761,
89.54,
86.10,
82.39
|
|
R / Rfree (%)
|
12.5 /
14.2
|
Calcium Binding Sites:
The binding sites of Calcium atom in the Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model
(pdb code 5e1p). This binding sites where shown within
5.0 Angstroms radius around Calcium atom.
In total 5 binding sites of Calcium where determined in the
Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model, PDB code: 5e1p:
Jump to Calcium binding site number:
1;
2;
3;
4;
5;
Calcium binding site 1 out
of 5 in 5e1p
Go back to
Calcium Binding Sites List in 5e1p
Calcium binding site 1 out
of 5 in the Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model
 Mono view
 Stereo pair view
|
|
A full contact list of Calcium with other atoms in the Ca binding
site number 1 of Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model within 5.0Å range:
|
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Ca201
b:7.4
occ:1.00
|
OD1
|
A:ASP20
|
2.2
|
6.7
|
0.4
|
|
O
|
A:THR26
|
2.3
|
8.4
|
0.2
|
|
OD1
|
A:ASP24
|
2.3
|
7.9
|
1.0
|
|
O
|
A:THR26
|
2.4
|
6.8
|
0.5
|
|
O
|
A:HOH429
|
2.4
|
10.5
|
1.0
|
|
OD1
|
A:ASP22
|
2.4
|
10.7
|
0.3
|
|
OD1
|
A:ASP20
|
2.4
|
8.9
|
0.3
|
|
OD1
|
A:ASP22
|
2.4
|
8.5
|
0.3
|
|
O
|
A:THR26
|
2.4
|
9.1
|
0.4
|
|
OD1
|
A:ASP20
|
2.4
|
7.3
|
0.3
|
|
OE1
|
A:GLU31
|
2.5
|
9.1
|
1.0
|
|
OE2
|
A:GLU31
|
2.5
|
10.8
|
1.0
|
|
OD1
|
A:ASP22
|
2.5
|
8.6
|
0.4
|
|
CD
|
A:GLU31
|
2.8
|
9.4
|
1.0
|
|
H
|
A:ASP24
|
3.3
|
9.9
|
0.3
|
|
H
|
A:ASP24
|
3.3
|
9.9
|
0.3
|
|
CG
|
A:ASP20
|
3.3
|
6.7
|
0.4
|
|
CG
|
A:ASP24
|
3.3
|
8.0
|
1.0
|
|
HA
|
A:ASP20
|
3.3
|
9.6
|
0.3
|
|
HA
|
A:ASP20
|
3.4
|
8.1
|
0.3
|
|
H
|
A:ASP24
|
3.4
|
9.9
|
0.4
|
|
HA
|
A:ASP20
|
3.4
|
9.5
|
0.4
|
|
CG
|
A:ASP22
|
3.4
|
10.9
|
0.3
|
|
HG1
|
A:THR26
|
3.4
|
9.2
|
0.5
|
|
H
|
A:THR26
|
3.4
|
8.9
|
0.4
|
|
CG
|
A:ASP22
|
3.4
|
9.3
|
0.3
|
|
H
|
A:THR26
|
3.4
|
8.2
|
0.5
|
|
HG1
|
A:THR26
|
3.4
|
8.9
|
0.4
|
|
H
|
A:ASP22
|
3.4
|
11.7
|
0.4
|
|
CG
|
A:ASP20
|
3.5
|
8.6
|
0.3
|
|
H
|
A:THR26
|
3.5
|
9.4
|
0.2
|
|
CG
|
A:ASP20
|
3.5
|
6.5
|
0.3
|
|
C
|
A:THR26
|
3.5
|
7.7
|
0.2
|
|
C
|
A:THR26
|
3.5
|
7.7
|
0.4
|
|
H
|
A:ASP22
|
3.5
|
10.5
|
0.3
|
|
C
|
A:THR26
|
3.5
|
6.7
|
0.5
|
|
HA
|
A:ILE27
|
3.7
|
8.3
|
0.2
|
|
H
|
A:ASP22
|
3.7
|
11.2
|
0.3
|
|
CG
|
A:ASP22
|
3.7
|
9.1
|
0.4
|
|
OG1
|
A:THR26
|
3.8
|
7.7
|
0.5
|
|
HA
|
A:ILE27
|
3.8
|
9.5
|
0.4
|
|
OD2
|
A:ASP22
|
3.9
|
10.5
|
0.3
|
|
HG1
|
A:THR26
|
3.9
|
9.7
|
0.2
|
|
OD2
|
A:ASP22
|
3.9
|
9.0
|
0.3
|
|
HA
|
A:ILE27
|
3.9
|
8.5
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP24
|
4.0
|
9.5
|
1.0
|
|
OG1
|
A:THR26
|
4.0
|
7.4
|
0.4
|
|
CA
|
A:ASP20
|
4.1
|
7.9
|
0.4
|
|
CA
|
A:ASP20
|
4.1
|
8.0
|
0.3
|
|
CA
|
A:ASP20
|
4.1
|
6.7
|
0.3
|
|
HG23
|
A:THR28
|
4.1
|
8.5
|
0.2
|
|
N
|
A:ASP24
|
4.1
|
8.3
|
1.0
|
|
OD2
|
A:ASP20
|
4.1
|
8.5
|
0.4
|
|
HG23
|
A:THR28
|
4.2
|
13.9
|
0.5
|
|
N
|
A:THR26
|
4.2
|
7.4
|
0.4
|
|
HG23
|
A:THR28
|
4.2
|
12.1
|
0.4
|
|
N
|
A:THR26
|
4.2
|
6.8
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP20
|
4.2
|
7.8
|
0.4
|
|
HB3
|
A:ASP24
|
4.2
|
10.3
|
1.0
|
|
N
|
A:THR26
|
4.2
|
7.9
|
0.2
|
|
H
|
A:LYS21
|
4.2
|
11.2
|
0.3
|
|
H
|
A:THR28
|
4.2
|
8.2
|
0.2
|
|
CB
|
A:ASP20
|
4.2
|
6.7
|
0.3
|
|
H
|
A:GLY23
|
4.2
|
10.2
|
0.3
|
|
CB
|
A:ASP24
|
4.3
|
8.6
|
1.0
|
|
H
|
A:THR28
|
4.3
|
9.2
|
0.4
|
|
CB
|
A:ASP20
|
4.3
|
8.9
|
0.3
|
|
OG1
|
A:THR26
|
4.3
|
8.0
|
0.2
|
|
N
|
A:ASP22
|
4.3
|
9.8
|
0.4
|
|
H
|
A:GLY23
|
4.3
|
10.2
|
0.3
|
|
C
|
A:ASP20
|
4.3
|
8.6
|
0.4
|
|
N
|
A:ASP22
|
4.3
|
8.7
|
0.3
|
|
OD2
|
A:ASP20
|
4.3
|
8.3
|
0.3
|
|
H
|
A:GLY23
|
4.3
|
11.9
|
0.4
|
|
CG
|
A:GLU31
|
4.3
|
9.7
|
1.0
|
|
CA
|
A:THR26
|
4.3
|
6.8
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP20
|
4.3
|
8.6
|
0.3
|
|
H
|
A:LYS21
|
4.3
|
12.4
|
0.4
|
|
CA
|
A:THR26
|
4.4
|
8.0
|
0.4
|
|
OD2
|
A:ASP20
|
4.4
|
7.0
|
0.3
|
|
HB2
|
A:ASP20
|
4.4
|
9.3
|
0.4
|
|
HB2
|
A:ASP20
|
4.4
|
8.1
|
0.3
|
|
OD2
|
A:ASP22
|
4.4
|
10.0
|
0.4
|
|
CA
|
A:THR26
|
4.4
|
7.8
|
0.2
|
|
N
|
A:ILE27
|
4.4
|
7.1
|
0.2
|
|
N
|
A:LYS21
|
4.4
|
9.4
|
0.3
|
|
N
|
A:ILE27
|
4.4
|
7.8
|
0.4
|
|
CA
|
A:ILE27
|
4.4
|
6.9
|
0.2
|
|
C
|
A:ASP20
|
4.4
|
7.4
|
0.3
|
|
N
|
A:ASP22
|
4.5
|
9.3
|
0.3
|
|
N
|
A:LYS21
|
4.5
|
10.3
|
0.4
|
|
HB2
|
A:ASP20
|
4.5
|
10.7
|
0.3
|
|
O
|
A:HOH419
|
4.5
|
7.9
|
1.0
|
|
H
|
A:THR28
|
4.5
|
10.1
|
0.5
|
|
N
|
A:ILE27
|
4.5
|
7.2
|
0.5
|
|
CA
|
A:ILE27
|
4.5
|
7.9
|
0.4
|
|
N
|
A:GLY23
|
4.5
|
9.9
|
0.4
|
|
H
|
A:GLY25
|
4.5
|
9.8
|
0.2
|
|
N
|
A:GLY23
|
4.6
|
8.5
|
0.3
|
|
CB
|
A:ASP22
|
4.6
|
11.1
|
0.3
|
|
CA
|
A:ASP24
|
4.6
|
8.4
|
1.0
|
|
N
|
A:GLY23
|
4.6
|
8.5
|
0.3
|
|
O
|
A:HOH422
|
4.6
|
11.0
|
1.0
|
|
H
|
A:GLY25
|
4.6
|
9.5
|
0.4
|
|
H
|
A:LYS21
|
4.6
|
8.2
|
0.3
|
|
CB
|
A:ASP22
|
4.6
|
9.9
|
0.3
|
|
HG3
|
A:GLU31
|
4.6
|
11.6
|
1.0
|
|
H
|
A:GLY25
|
4.6
|
8.5
|
0.5
|
|
CA
|
A:ILE27
|
4.7
|
7.1
|
0.5
|
|
CB
|
A:THR26
|
4.7
|
6.8
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP22
|
4.7
|
10.2
|
0.4
|
|
N
|
A:LYS21
|
4.7
|
6.8
|
0.3
|
|
HG2
|
A:GLU31
|
4.7
|
11.6
|
1.0
|
|
CA
|
A:ASP22
|
4.8
|
9.9
|
0.4
|
|
CB
|
A:ASP22
|
4.8
|
10.6
|
0.4
|
|
CA
|
A:ASP22
|
4.8
|
8.7
|
0.3
|
|
HB3
|
A:ASP22
|
4.8
|
13.3
|
0.3
|
|
CB
|
A:THR26
|
4.8
|
7.8
|
0.4
|
|
N
|
A:GLY25
|
4.8
|
8.2
|
0.2
|
|
O
|
A:HOH412
|
4.8
|
18.1
|
1.0
|
|
O
|
A:ASP20
|
4.8
|
9.6
|
0.4
|
|
CA
|
A:ASP22
|
4.8
|
9.9
|
0.3
|
|
N
|
A:THR28
|
4.9
|
6.8
|
0.2
|
|
N
|
A:GLY25
|
4.9
|
7.9
|
0.4
|
|
C
|
A:ASP22
|
4.9
|
8.3
|
0.3
|
|
N
|
A:GLY25
|
4.9
|
7.1
|
0.5
|
|
N
|
A:THR28
|
4.9
|
7.7
|
0.4
|
|
O
|
A:ASP20
|
4.9
|
8.5
|
0.3
|
|
C
|
A:ASP24
|
4.9
|
8.0
|
1.0
|
|
C
|
A:ASP22
|
4.9
|
8.9
|
0.3
|
|
O
|
A:ASP20
|
5.0
|
8.7
|
0.3
|
|
HB2
|
A:GLU31
|
5.0
|
11.6
|
1.0
|
|
CB
|
A:THR26
|
5.0
|
7.8
|
0.2
|
|
Calcium binding site 2 out
of 5 in 5e1p
Go back to
Calcium Binding Sites List in 5e1p
Calcium binding site 2 out
of 5 in the Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model
 Mono view
 Stereo pair view
|
|
A full contact list of Calcium with other atoms in the Ca binding
site number 2 of Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model within 5.0Å range:
|
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Ca202
b:10.4
occ:1.00
|
OD1
|
A:ASP56
|
2.3
|
8.5
|
0.6
|
|
OD1
|
A:ASN60
|
2.3
|
11.8
|
0.6
|
|
O
|
A:THR62
|
2.4
|
8.2
|
1.0
|
|
OD1
|
A:ASP58
|
2.4
|
7.6
|
0.6
|
|
O
|
A:HOH348
|
2.4
|
9.9
|
1.0
|
|
OD1
|
A:ASN60
|
2.5
|
7.6
|
0.5
|
|
OE1
|
A:GLU67
|
2.5
|
7.4
|
0.6
|
|
OE1
|
A:GLU67
|
2.5
|
10.8
|
0.4
|
|
OE2
|
A:GLU67
|
2.6
|
8.3
|
0.6
|
|
OD1
|
A:ASP58
|
2.6
|
12.7
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASP56
|
2.7
|
12.4
|
0.5
|
|
O
|
A:HOH370
|
2.8
|
13.6
|
1.0
|
|
OE2
|
A:GLU67
|
2.8
|
10.5
|
0.4
|
|
CD
|
A:GLU67
|
2.9
|
7.3
|
0.6
|
|
CD
|
A:GLU67
|
3.0
|
11.0
|
0.4
|
|
CG
|
A:ASN60
|
3.2
|
12.2
|
0.6
|
|
CG
|
A:ASP56
|
3.3
|
9.1
|
0.6
|
|
CG
|
A:ASN60
|
3.4
|
7.1
|
0.5
|
|
HD21
|
A:ASN60
|
3.4
|
7.5
|
1.0
|
|
CG
|
A:ASP58
|
3.4
|
7.9
|
0.6
|
|
H
|
A:ASP58
|
3.5
|
12.2
|
0.6
|
|
CG
|
A:ASP58
|
3.5
|
13.9
|
0.5
|
|
H
|
A:ASN60
|
3.6
|
10.4
|
0.5
|
|
C
|
A:THR62
|
3.6
|
7.8
|
1.0
|
|
HA
|
A:ASP56
|
3.6
|
11.7
|
0.6
|
|
H
|
A:THR62
|
3.6
|
11.4
|
0.6
|
|
HA
|
A:ILE63
|
3.6
|
8.4
|
0.6
|
|
H
|
A:ASN60
|
3.6
|
16.3
|
0.6
|
|
ND2
|
A:ASN60
|
3.7
|
6.2
|
0.5
|
|
HA
|
A:ILE63
|
3.7
|
9.2
|
0.4
|
|
H
|
A:THR62
|
3.7
|
10.9
|
0.5
|
|
H
|
A:ASP58
|
3.8
|
18.2
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP56
|
3.8
|
13.5
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP58
|
3.8
|
15.0
|
0.5
|
|
ND2
|
A:ASN60
|
3.8
|
12.8
|
0.6
|
|
H
|
A:ASP64
|
3.8
|
9.1
|
0.6
|
|
H
|
A:GLY59
|
3.9
|
13.3
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP58
|
3.9
|
7.5
|
0.6
|
|
H
|
A:ASP64
|
3.9
|
8.5
|
0.4
|
|
HG1
|
A:THR62
|
3.9
|
10.3
|
1.0
|
|
HA
|
A:ASP56
|
4.1
|
15.8
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP56
|
4.2
|
9.5
|
0.6
|
|
HD13
|
A:ILE63
|
4.2
|
16.1
|
0.4
|
|
OD2
|
A:ASP56
|
4.2
|
11.4
|
0.6
|
|
CA
|
A:ASP56
|
4.2
|
9.7
|
0.6
|
|
HB2
|
A:ASP56
|
4.3
|
11.4
|
0.6
|
|
N
|
A:THR62
|
4.3
|
8.7
|
0.4
|
|
N
|
A:ASP58
|
4.3
|
10.1
|
0.6
|
|
N
|
A:THR62
|
4.3
|
9.5
|
0.2
|
|
CB
|
A:ASN60
|
4.3
|
12.8
|
0.6
|
|
CA
|
A:ILE63
|
4.3
|
7.0
|
0.6
|
|
H
|
A:ALA57
|
4.3
|
12.3
|
0.6
|
|
N
|
A:ASN60
|
4.4
|
8.7
|
0.5
|
|
N
|
A:ASN60
|
4.4
|
13.6
|
0.6
|
|
HB3
|
A:ASN60
|
4.4
|
15.3
|
0.6
|
|
N
|
A:ILE63
|
4.4
|
7.6
|
0.6
|
|
CG
|
A:GLU67
|
4.4
|
8.3
|
0.6
|
|
N
|
A:THR62
|
4.4
|
9.1
|
0.4
|
|
N
|
A:ASP64
|
4.4
|
7.6
|
0.6
|
|
N
|
A:ILE63
|
4.4
|
8.1
|
0.4
|
|
OD2
|
A:ASP56
|
4.4
|
14.1
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY61
|
4.4
|
13.0
|
0.6
|
|
C
|
A:ASP56
|
4.4
|
9.9
|
0.6
|
|
CA
|
A:ILE63
|
4.4
|
7.7
|
0.4
|
|
CG
|
A:GLU67
|
4.5
|
10.4
|
0.4
|
|
OG1
|
A:THR62
|
4.5
|
8.6
|
1.0
|
|
N
|
A:GLY59
|
4.5
|
11.1
|
0.5
|
|
HD22
|
A:ASN60
|
4.5
|
7.5
|
1.0
|
|
N
|
A:ALA57
|
4.5
|
10.2
|
0.6
|
|
N
|
A:ASP64
|
4.5
|
7.0
|
0.4
|
|
CA
|
A:THR62
|
4.5
|
8.3
|
1.0
|
|
HB3
|
A:ASP64
|
4.6
|
9.7
|
0.6
|
|
N
|
A:ASP58
|
4.6
|
15.2
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY61
|
4.6
|
12.3
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY59
|
4.6
|
15.5
|
0.6
|
|
CB
|
A:ASN60
|
4.6
|
8.8
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP58
|
4.6
|
8.4
|
0.6
|
|
OD2
|
A:ASP64
|
4.6
|
11.7
|
0.6
|
|
CA
|
A:ASN60
|
4.7
|
13.3
|
0.6
|
|
HG3
|
A:GLU67
|
4.7
|
12.5
|
0.4
|
|
HG3
|
A:GLU67
|
4.7
|
10.0
|
0.6
|
|
OD2
|
A:ASP64
|
4.7
|
7.4
|
0.4
|
|
CB
|
A:ASP58
|
4.7
|
14.9
|
0.5
|
|
C
|
A:ILE63
|
4.8
|
6.6
|
0.6
|
|
CG
|
A:ASP64
|
4.8
|
10.2
|
0.6
|
|
N
|
A:GLY61
|
4.8
|
10.9
|
0.6
|
|
CA
|
A:ASP56
|
4.8
|
13.2
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP56
|
4.8
|
13.3
|
0.5
|
|
O
|
A:HOH388
|
4.8
|
12.8
|
1.0
|
|
HG2
|
A:GLU67
|
4.8
|
10.0
|
0.6
|
|
CA
|
A:ASP58
|
4.8
|
10.2
|
0.6
|
|
CG
|
A:ASP64
|
4.8
|
6.8
|
0.4
|
|
H
|
A:ALA57
|
4.8
|
16.4
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASP64
|
4.9
|
10.1
|
0.4
|
|
N
|
A:GLY59
|
4.9
|
12.9
|
0.6
|
|
C
|
A:ASN60
|
4.9
|
12.6
|
0.6
|
|
CA
|
A:ASN60
|
4.9
|
9.3
|
0.5
|
|
C
|
A:ILE63
|
4.9
|
7.5
|
0.4
|
|
HB2
|
A:GLU67
|
4.9
|
11.4
|
0.4
|
|
HB3
|
A:ASN60
|
4.9
|
10.5
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP58
|
5.0
|
11.4
|
0.6
|
|
HG2
|
A:GLU67
|
5.0
|
12.5
|
0.4
|
|
CA
|
A:ASP58
|
5.0
|
14.9
|
0.5
|
|
Calcium binding site 3 out
of 5 in 5e1p
Go back to
Calcium Binding Sites List in 5e1p
Calcium binding site 3 out
of 5 in the Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model
 Mono view
 Stereo pair view
|
|
A full contact list of Calcium with other atoms in the Ca binding
site number 3 of Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model within 5.0Å range:
|
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Ca203
b:10.7
occ:1.00
|
OD1
|
A:ASP129
|
2.2
|
11.0
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASP131
|
2.3
|
11.8
|
0.5
|
|
O
|
A:HIS135
|
2.3
|
11.0
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASP133
|
2.4
|
11.4
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASP131
|
2.4
|
13.0
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASP133
|
2.4
|
12.8
|
0.5
|
|
O
|
A:HIS135
|
2.4
|
8.9
|
0.5
|
|
O
|
A:HOH352
|
2.4
|
13.2
|
1.0
|
|
OE1
|
A:GLU140
|
2.4
|
11.2
|
1.0
|
|
OD1
|
A:ASP129
|
2.5
|
11.3
|
0.5
|
|
OE2
|
A:GLU140
|
2.5
|
11.4
|
1.0
|
|
CD
|
A:GLU140
|
2.9
|
10.8
|
1.0
|
|
CG
|
A:ASP131
|
3.2
|
12.5
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP133
|
3.3
|
12.6
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP131
|
3.3
|
12.8
|
0.5
|
|
H
|
A:ASP133
|
3.3
|
15.5
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP129
|
3.3
|
11.3
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP133
|
3.3
|
13.3
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP131
|
3.4
|
12.9
|
0.5
|
|
H
|
A:ASP133
|
3.4
|
16.2
|
0.5
|
|
H
|
A:HIS135
|
3.4
|
13.4
|
0.5
|
|
C
|
A:HIS135
|
3.5
|
8.8
|
0.5
|
|
H
|
A:HIS135
|
3.5
|
11.2
|
0.5
|
|
C
|
A:HIS135
|
3.5
|
10.5
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP129
|
3.6
|
11.6
|
0.5
|
|
H
|
A:ASP131
|
3.6
|
14.3
|
0.5
|
|
H
|
A:ASP131
|
3.6
|
15.3
|
0.5
|
|
H
|
A:ASN137
|
3.6
|
13.1
|
0.5
|
|
HA
|
A:ASP129
|
3.6
|
13.1
|
0.5
|
|
HA
|
A:ILE136
|
3.6
|
10.4
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP133
|
3.6
|
13.3
|
0.5
|
|
HA
|
A:ILE136
|
3.7
|
12.6
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP131
|
3.7
|
13.8
|
0.5
|
|
HA
|
A:ASP129
|
3.7
|
12.8
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY132
|
3.7
|
16.3
|
0.5
|
|
H
|
A:ILE130
|
3.8
|
12.8
|
0.5
|
|
H
|
A:ILE130
|
3.8
|
15.0
|
0.5
|
|
H
|
A:ASN137
|
3.9
|
9.7
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP133
|
3.9
|
13.3
|
0.5
|
|
HD13
|
A:ILE136
|
4.0
|
12.9
|
0.5
|
|
HB2
|
A:HIS135
|
4.1
|
13.5
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP129
|
4.1
|
11.7
|
0.5
|
|
N
|
A:HIS135
|
4.1
|
11.2
|
0.5
|
|
N
|
A:ASP133
|
4.1
|
13.5
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY132
|
4.1
|
16.4
|
0.5
|
|
N
|
A:ASP133
|
4.1
|
12.9
|
0.5
|
|
HB2
|
A:HIS135
|
4.1
|
14.5
|
0.5
|
|
N
|
A:HIS135
|
4.2
|
9.3
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP129
|
4.2
|
10.7
|
0.5
|
|
N
|
A:ASP131
|
4.2
|
12.8
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP129
|
4.3
|
10.6
|
0.5
|
|
N
|
A:ILE136
|
4.3
|
8.8
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP129
|
4.3
|
10.9
|
0.5
|
|
N
|
A:ASN137
|
4.3
|
10.9
|
0.5
|
|
N
|
A:ASP131
|
4.3
|
11.9
|
0.5
|
|
CA
|
A:HIS135
|
4.3
|
9.8
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY132
|
4.3
|
13.6
|
0.5
|
|
CA
|
A:HIS135
|
4.4
|
11.4
|
0.5
|
|
CG
|
A:GLU140
|
4.4
|
11.5
|
1.0
|
|
CB
|
A:ASP133
|
4.4
|
14.6
|
0.5
|
|
CA
|
A:ILE136
|
4.4
|
8.7
|
0.5
|
|
N
|
A:ILE136
|
4.4
|
10.8
|
0.5
|
|
CA
|
A:ILE136
|
4.4
|
10.5
|
0.5
|
|
N
|
A:ILE130
|
4.4
|
12.5
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASP133
|
4.4
|
17.5
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY134
|
4.4
|
15.6
|
0.5
|
|
HB2
|
A:ASP129
|
4.4
|
12.8
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY134
|
4.5
|
13.9
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASN137
|
4.5
|
14.5
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP133
|
4.5
|
12.9
|
0.5
|
|
N
|
A:ASN137
|
4.5
|
8.1
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY132
|
4.5
|
13.6
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP131
|
4.5
|
13.5
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP129
|
4.5
|
10.7
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP131
|
4.5
|
14.2
|
0.5
|
|
N
|
A:ILE130
|
4.5
|
10.7
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP129
|
4.6
|
11.0
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP133
|
4.6
|
13.5
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY134
|
4.7
|
13.0
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP131
|
4.7
|
13.4
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP133
|
4.7
|
12.8
|
0.5
|
|
HD22
|
A:LEU99
|
4.7
|
20.9
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASN137
|
4.7
|
10.3
|
0.5
|
|
CB
|
A:HIS135
|
4.7
|
11.2
|
0.5
|
|
CB
|
A:HIS135
|
4.7
|
12.1
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY134
|
4.7
|
11.6
|
0.5
|
|
HG2
|
A:GLU140
|
4.8
|
13.8
|
1.0
|
|
HB3
|
A:ASP133
|
4.8
|
15.5
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP131
|
4.8
|
13.4
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP131
|
4.8
|
13.8
|
0.5
|
|
HG3
|
A:GLU140
|
4.8
|
13.8
|
1.0
|
|
C
|
A:ASP129
|
4.8
|
13.5
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP133
|
4.8
|
13.5
|
0.5
|
|
C
|
A:ILE136
|
4.8
|
10.9
|
0.5
|
|
C
|
A:ILE136
|
4.9
|
8.6
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP131
|
4.9
|
13.2
|
0.5
|
|
HD22
|
A:LEU99
|
4.9
|
22.0
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASP131
|
4.9
|
17.0
|
0.5
|
|
HB2
|
A:GLU140
|
4.9
|
12.9
|
1.0
|
|
CG
|
A:ASN137
|
4.9
|
12.6
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP133
|
4.9
|
12.1
|
0.5
|
|
CD1
|
A:ILE136
|
4.9
|
10.7
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASP131
|
4.9
|
16.2
|
0.5
|
|
HB2
|
A:ASP129
|
5.0
|
13.2
|
0.5
|
|
ND2
|
A:ASN137
|
5.0
|
14.3
|
0.5
|
|
Calcium binding site 4 out
of 5 in 5e1p
Go back to
Calcium Binding Sites List in 5e1p
Calcium binding site 4 out
of 5 in the Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model
 Mono view
 Stereo pair view
|
|
A full contact list of Calcium with other atoms in the Ca binding
site number 4 of Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model within 5.0Å range:
|
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Ca204
b:9.2
occ:0.86
|
O
|
A:HOH344
|
2.4
|
12.3
|
1.0
|
|
O
|
A:HOH441
|
2.4
|
11.7
|
1.0
|
|
O
|
A:HOH351
|
2.4
|
11.3
|
1.0
|
|
O
|
A:HOH385
|
2.4
|
14.5
|
1.0
|
|
OE2
|
A:GLU47
|
2.4
|
9.7
|
0.4
|
|
OE1
|
A:GLU47
|
2.5
|
12.2
|
0.3
|
|
OE1
|
A:GLU47
|
2.5
|
9.0
|
0.3
|
|
OE2
|
A:GLU47
|
2.5
|
9.4
|
0.3
|
|
OE1
|
A:GLU47
|
2.5
|
10.0
|
0.4
|
|
OE2
|
A:GLU47
|
2.7
|
13.7
|
0.3
|
|
CD
|
A:GLU47
|
2.8
|
9.3
|
0.4
|
|
CD
|
A:GLU47
|
2.8
|
8.3
|
0.3
|
|
CD
|
A:GLU47
|
2.9
|
11.8
|
0.3
|
|
HA
|
A:PRO43
|
3.4
|
11.2
|
0.4
|
|
HA
|
A:PRO43
|
3.5
|
10.4
|
0.3
|
|
HA
|
A:PRO43
|
3.7
|
9.1
|
0.3
|
|
HG23
|
A:THR44
|
3.8
|
14.5
|
0.4
|
|
HG23
|
A:THR44
|
3.9
|
8.9
|
0.3
|
|
HG23
|
A:THR44
|
3.9
|
16.1
|
0.3
|
|
H
|
A:THR44
|
3.9
|
11.3
|
0.4
|
|
H
|
A:THR44
|
4.0
|
13.0
|
0.3
|
|
H
|
A:THR44
|
4.1
|
9.1
|
0.3
|
|
CG
|
A:GLU47
|
4.3
|
8.8
|
0.4
|
|
CG
|
A:GLU47
|
4.3
|
8.8
|
0.3
|
|
CG
|
A:GLU47
|
4.3
|
10.9
|
0.3
|
|
CA
|
A:PRO43
|
4.4
|
9.3
|
0.4
|
|
CA
|
A:PRO43
|
4.4
|
8.7
|
0.3
|
|
HE21
|
A:GLN41
|
4.5
|
28.4
|
0.3
|
|
O
|
A:ASN42
|
4.5
|
7.5
|
0.3
|
|
O
|
A:HOH330
|
4.5
|
38.3
|
1.0
|
|
HG3
|
A:GLU47
|
4.6
|
13.1
|
0.3
|
|
O
|
A:HOH414
|
4.6
|
44.3
|
1.0
|
|
N
|
A:THR44
|
4.6
|
9.4
|
0.4
|
|
CA
|
A:PRO43
|
4.6
|
7.6
|
0.3
|
|
HG3
|
A:GLU47
|
4.6
|
10.6
|
0.3
|
|
N
|
A:THR44
|
4.7
|
10.9
|
0.3
|
|
HB3
|
A:PRO43
|
4.7
|
12.0
|
0.4
|
|
HG3
|
A:GLU47
|
4.7
|
10.6
|
0.4
|
|
HG2
|
A:GLU47
|
4.7
|
10.6
|
0.4
|
|
CG2
|
A:THR44
|
4.7
|
12.1
|
0.4
|
|
HG2
|
A:GLU47
|
4.7
|
10.6
|
0.3
|
|
N
|
A:THR44
|
4.8
|
7.6
|
0.3
|
|
CG2
|
A:THR44
|
4.8
|
7.4
|
0.3
|
|
O
|
A:ASN42
|
4.8
|
8.1
|
0.4
|
|
HG2
|
A:GLU47
|
4.8
|
13.1
|
0.3
|
|
CG2
|
A:THR44
|
4.8
|
13.4
|
0.3
|
|
O
|
A:HOH355
|
4.8
|
13.4
|
1.0
|
|
O
|
A:HOH440
|
4.9
|
39.6
|
1.0
|
|
O
|
A:ASN42
|
4.9
|
8.4
|
0.3
|
|
HG21
|
A:THR44
|
4.9
|
14.5
|
0.4
|
|
HG21
|
A:THR44
|
5.0
|
8.9
|
0.3
|
|
HB3
|
A:PRO43
|
5.0
|
10.1
|
0.3
|
|
Calcium binding site 5 out
of 5 in 5e1p
Go back to
Calcium Binding Sites List in 5e1p
Calcium binding site 5 out
of 5 in the Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model
 Mono view
 Stereo pair view
|
|
A full contact list of Calcium with other atoms in the Ca binding
site number 5 of Ca(2+)-Calmodulin From Paramecium Tetraurelia Qfit Disorder Model within 5.0Å range:
|
probe
|
atom
|
residue
|
distance (Å)
|
B
|
Occ
|
A:Ca205
b:13.9
occ:1.00
|
OD1
|
A:ASP93
|
2.2
|
13.2
|
0.5
|
|
O
|
A:LEU99
|
2.3
|
12.9
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASP95
|
2.3
|
15.2
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASP95
|
2.4
|
17.9
|
0.5
|
|
O
|
A:HOH420
|
2.4
|
21.1
|
1.0
|
|
OE2
|
A:GLU104
|
2.4
|
11.5
|
0.6
|
|
OD1
|
A:ASP93
|
2.4
|
14.4
|
0.5
|
|
O
|
A:LEU99
|
2.4
|
12.0
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASN97
|
2.4
|
16.5
|
0.5
|
|
OE1
|
A:GLU104
|
2.4
|
10.2
|
0.5
|
|
OD1
|
A:ASN97
|
2.4
|
18.8
|
0.5
|
|
OE1
|
A:GLU104
|
2.5
|
12.2
|
0.6
|
|
OE2
|
A:GLU104
|
2.7
|
11.1
|
0.5
|
|
CD
|
A:GLU104
|
2.7
|
11.8
|
0.6
|
|
CD
|
A:GLU104
|
2.9
|
10.5
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP95
|
3.3
|
16.3
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP95
|
3.3
|
18.2
|
0.5
|
|
H
|
A:ASP95
|
3.3
|
17.5
|
0.5
|
|
H
|
A:ASN97
|
3.3
|
23.1
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASN97
|
3.4
|
18.1
|
0.5
|
|
H
|
A:LEU99
|
3.4
|
17.5
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP93
|
3.4
|
13.3
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASN97
|
3.4
|
19.9
|
0.5
|
|
H
|
A:ASN97
|
3.4
|
23.7
|
0.5
|
|
C
|
A:LEU99
|
3.5
|
11.5
|
0.5
|
|
H
|
A:ASP95
|
3.5
|
19.2
|
0.5
|
|
C
|
A:LEU99
|
3.5
|
12.3
|
0.5
|
|
CG
|
A:ASP93
|
3.5
|
14.6
|
0.5
|
|
H
|
A:LEU99
|
3.5
|
16.6
|
0.5
|
|
HA
|
A:ASP93
|
3.6
|
14.3
|
0.5
|
|
HA
|
A:ILE100
|
3.6
|
12.1
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP95
|
3.7
|
19.6
|
0.5
|
|
H
|
A:SER101
|
3.8
|
10.8
|
0.5
|
|
HA
|
A:ASP93
|
3.8
|
15.7
|
0.5
|
|
HA
|
A:ILE100
|
3.8
|
11.4
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP95
|
3.8
|
19.3
|
0.5
|
|
HD21
|
A:ASN97
|
3.9
|
25.1
|
1.0
|
|
HB2
|
A:LEU99
|
3.9
|
18.3
|
0.5
|
|
H
|
A:SER101
|
4.0
|
12.5
|
0.5
|
|
ND2
|
A:ASN97
|
4.0
|
19.4
|
0.5
|
|
ND2
|
A:ASN97
|
4.1
|
20.9
|
0.5
|
|
N
|
A:ASP95
|
4.1
|
14.6
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY96
|
4.1
|
22.9
|
0.5
|
|
N
|
A:ASN97
|
4.1
|
19.2
|
0.5
|
|
N
|
A:LEU99
|
4.1
|
14.6
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP93
|
4.2
|
11.9
|
0.5
|
|
N
|
A:LEU99
|
4.2
|
13.8
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY96
|
4.2
|
19.7
|
0.5
|
|
HB2
|
A:LEU99
|
4.2
|
15.7
|
0.5
|
|
OD2
|
A:ASP93
|
4.2
|
15.7
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP93
|
4.2
|
12.0
|
0.5
|
|
N
|
A:ASN97
|
4.3
|
19.8
|
0.5
|
|
CG
|
A:GLU104
|
4.3
|
11.4
|
0.6
|
|
OD2
|
A:ASP93
|
4.3
|
14.1
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY98
|
4.3
|
21.2
|
0.5
|
|
CA
|
A:LEU99
|
4.3
|
13.2
|
0.5
|
|
N
|
A:ASP95
|
4.3
|
16.0
|
0.5
|
|
H
|
A:ARG94
|
4.3
|
15.9
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP93
|
4.4
|
12.8
|
0.5
|
|
N
|
A:ILE100
|
4.4
|
10.4
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASN97
|
4.4
|
20.0
|
0.5
|
|
CA
|
A:ILE100
|
4.4
|
10.1
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP95
|
4.4
|
15.9
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASN97
|
4.4
|
24.0
|
0.5
|
|
CA
|
A:LEU99
|
4.4
|
12.8
|
0.5
|
|
CG
|
A:GLU104
|
4.4
|
10.7
|
0.5
|
|
N
|
A:SER101
|
4.4
|
9.0
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP93
|
4.4
|
13.1
|
0.5
|
|
N
|
A:ARG94
|
4.4
|
13.2
|
0.5
|
|
N
|
A:ILE100
|
4.4
|
10.4
|
0.5
|
|
HB3
|
A:SER101
|
4.5
|
12.9
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP93
|
4.5
|
13.9
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY96
|
4.5
|
19.0
|
0.5
|
|
H
|
A:ARG94
|
4.5
|
15.6
|
0.5
|
|
CA
|
A:ILE100
|
4.5
|
9.5
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY96
|
4.5
|
16.4
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASN97
|
4.5
|
20.8
|
0.5
|
|
CB
|
A:ASP95
|
4.5
|
17.9
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASP95
|
4.6
|
19.1
|
0.5
|
|
O
|
A:HOH375
|
4.6
|
32.0
|
1.0
|
|
CB
|
A:LEU99
|
4.6
|
15.2
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP95
|
4.6
|
15.2
|
0.5
|
|
HB3
|
A:SER101
|
4.6
|
13.5
|
0.5
|
|
HG3
|
A:GLU104
|
4.6
|
13.7
|
0.6
|
|
C
|
A:ASP93
|
4.6
|
13.7
|
0.5
|
|
N
|
A:SER101
|
4.6
|
10.4
|
0.5
|
|
H
|
A:GLY98
|
4.6
|
21.8
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASN97
|
4.6
|
19.4
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASN97
|
4.6
|
24.9
|
0.5
|
|
O
|
A:ASP93
|
4.6
|
12.4
|
0.5
|
|
HB2
|
A:ASP93
|
4.7
|
15.4
|
0.5
|
|
HG2
|
A:GLU104
|
4.7
|
13.7
|
0.6
|
|
N
|
A:ARG94
|
4.7
|
13.0
|
0.5
|
|
C
|
A:ASP95
|
4.7
|
16.0
|
0.5
|
|
HG3
|
A:GLU104
|
4.7
|
12.8
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASP95
|
4.7
|
17.9
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY98
|
4.8
|
17.7
|
0.5
|
|
HB2
|
A:ASP93
|
4.8
|
16.7
|
0.5
|
|
CA
|
A:ASN97
|
4.8
|
20.5
|
0.5
|
|
CB
|
A:LEU99
|
4.8
|
13.1
|
0.5
|
|
C
|
A:ILE100
|
4.8
|
9.2
|
0.5
|
|
HD22
|
A:ASN97
|
4.9
|
25.1
|
1.0
|
|
C
|
A:ASP95
|
4.9
|
19.2
|
0.5
|
|
N
|
A:GLY98
|
4.9
|
18.2
|
0.5
|
|
HG2
|
A:GLU104
|
4.9
|
12.8
|
0.5
|
|
C
|
A:ASN97
|
4.9
|
19.1
|
0.5
|
|
HB3
|
A:ASP95
|
4.9
|
21.5
|
0.5
|
|
HB2
|
A:GLU104
|
4.9
|
12.0
|
0.5
|
|
HD2
|
A:HIS135
|
4.9
|
16.0
|
0.5
|
|
HB3
|
A:LEU99
|
4.9
|
18.3
|
0.5
|
|
HB2
|
A:GLU104
|
5.0
|
12.6
|
0.6
|
|
Reference:
J.Lin,
H.Van Den Bedem,
A.T.Brunger,
M.A.Wilson.
Atomic Resolution Experimental Phase Information Reveals Extensive Disorder and Bound 2-Methyl-2,4-Pentanediol in Ca(2+)-Calmodulin. Acta Crystallogr D Struct V. 72 83 2016BIOL.
ISSN: ISSN 2059-7983
PubMed: 26894537
DOI: 10.1107/S2059798315021609
Page generated: Sat Dec 12 05:22:36 2020
|
